Evaluering av forslag til krav i gjødselvareforskriften for å redusere klimagassutslipp, ammoniakktap og nitrogenavrenning fra jordbruket

Rapporten er skrevet på oppdrag for Miljødirektoratet og formålet er å vurdere effekten av endringer i gjødselvareforskriften og andre tiltak på utslipp av lystgass, metan og ammoniakk til luft og nitrogen til vann. Miljødirektoratet har kommet med forslag til endringer innenfor følgende områder: Krav til ulike lagertyper for husdyrgjødsel Krav til lagerkapasitet for husdyrgjødsel Krav til spredetidspunkt for gjødselvare Krav til spredeareal I tillegg er effekten av følgende tiltak utenom gjødselvareforskriften vurdert: Miljøvennlige spredemetoder Innføring av en avgift på mineralgjødsel Strengere krav til regulering av gjødslingsplanlegging Andre alternativer inkluderer: Krav til tett dekke ved lagring av all bløtgjødsel Biogas (vurdert i annen rapport) Rapporten vurderer effekten av tiltakene og de samfunnsøkonomiske kostnadene. Det er i størst mulig omfang forsøkt å kvantifisere effektene basert på dagens kunnskap. I kapittel 6 er tiltakseffekter og kostnader oppsummeret for hvert tiltak. Under er tiltakene vurdert samlet. Oppsummert er det mest effektive tiltaket som fører til reduserte utslipp av ammoniakk stripespredning av husdyrgjødsel. Dette tiltaket har god kostnadseffektivitet og forholdsvis stor grad av sikkerhet for effekt. Dessuten vil tak over lager for bløtgjødsel gi reduserte utslipp av ammoniakk, men kostnadene ved dette tiltaket er forholdsvis store. Det er mest effektivt med tak over lager for svinegjødsel. Tiltak som fører til reduksjon i utslipp av lystgass er først og fremst bedre utnyttelse av husdyrgjødsel gjennom forbedret gjødslingsplanlegging. Effekten av tiltaket skyldes redusert bruk av nitrogen i mineralgjødsel. Kostnader ved gjennomføring av dette tiltaket består av økt rådgiving og evt. kontroll. Avgift på nitrogen vil kunne gi reduserte utslipp av lystgass, men bør kombineres med økt rådgiving for å få best mulig effekt. Krav til spredetidspunkt vil også, sammen med økt lagerkapasitet, gi en bedre utnyttelse av husdyrgjødsel i planteproduksjonen og dermed reduserte lystgassutslipp, men dette krever forholdsvis store investeringer. Metanutslipp kan ifølge danske faktorer bli redusert med 15 % ved å etablere tett dekke på lager for bløtgjødsel. Dette er avhengig av et naturlig flytedekke eller flytedekke av halm. Effekten er meget usikker og det kan på samme tid føre til økte utslipp av lystgass. Utslipp av nitrogen til vann vil bli redusert ved forbedret gjødslingsplanlegging sammen med strengere krav til spredetidspunkt som igjen henger sammen med økt lagerkapasitet. Det siste krever store investeringer. For mer detaljert sammendrag og konklusjon se kapittel 6 side 51

Association Between Proportion of Nuclei With High Chromatin Entropy and Prognosis in Gynecological Cancers

Background: Nuclear texture analysis measuring differences in chromatin structure has provided prognostic biomarkers in several cancers. There is a need for improved cell-by-cell chromatin analysis to detect nuclei with highly disorganized chromatin. The purpose of this study was to develop a method for detecting nuclei with high chromatin entropy and to evaluate the association between the presence of such deviating nuclei and prognosis. Methods: A new texture-based biomarker that characterizes each cancer based on the proportion of high–chromatin entropy nuclei (<25% vs ≥25%) was developed on a discovery set of 175 uterine sarcomas. The prognostic impact of this biomarker was evaluated on a validation set of 179 uterine sarcomas, as well as on independent validation sets of 246 early-stage ovarian carcinomas and 791 endometrial carcinomas. More than 1 million images of nuclei stained for DNA were included in the study. All statistical tests were two-sided. Results: An increased proportion of high–chromatin entropy nuclei was associated with poor clinical outcome. The biomarker predicted five-year overall survival for uterine sarcoma patients with a hazard ratio (HR) of 2.02 (95% confidence interval [CI] = 1.43 to 2.84), time to recurrence for ovarian cancer patients (HR = 2.91, 95% CI = 1.74 to 4.88), and cancer-specific survival for endometrial cancer patients (HR = 3.74, 95% CI = 2.24 to 6.24). Chromatin entropy was an independent prognostic marker in multivariable analyses with clinicopathological parameters (HR = 1.81, 95% CI = 1.21 to 2.70, for sarcoma; HR = 1.71, 95% CI = 1.01 to 2.90, for ovarian cancer; and HR = 2.03, 95% CI = 1.19 to 3.45, for endometrial cancer). Conclusions: A novel method detected high–chromatin entropy nuclei, and an increased proportion of such nuclei was associated with poor prognosis. Chromatin entropy supplemented existing prognostic markers in multivariable analyses of three gynecological cancer cohorts.publishedVersio

Deep learning for prediction of colorectal cancer outcome: a discovery and validation study

Background Improved markers of prognosis are needed to stratify patients with early-stage colorectal cancer to refine selection of adjuvant therapy. The aim of the present study was to develop a biomarker of patient outcome after primary colorectal cancer resection by directly analysing scanned conventional haematoxylin and eosin stained sections using deep learning. Methods More than 12 000 000 image tiles from patients with a distinctly good or poor disease outcome from four cohorts were used to train a total of ten convolutional neural networks, purpose-built for classifying supersized heterogeneous images. A prognostic biomarker integrating the ten networks was determined using patients with a non-distinct outcome. The marker was tested on 920 patients with slides prepared in the UK, and then independently validated according to a predefined protocol in 1122 patients treated with single-agent capecitabine using slides prepared in Norway. All cohorts included only patients with resectable tumours, and a formalin-fixed, paraffin-embedded tumour tissue block available for analysis. The primary outcome was cancer-specific survival. Findings 828 patients from four cohorts had a distinct outcome and were used as a training cohort to obtain clear ground truth. 1645 patients had a non-distinct outcome and were used for tuning. The biomarker provided a hazard ratio for poor versus good prognosis of 3·84 (95% CI 2·72–5·43; p<0·0001) in the primary analysis of the validation cohort, and 3·04 (2·07–4·47; p<0·0001) after adjusting for established prognostic markers significant in univariable analyses of the same cohort, which were pN stage, pT stage, lymphatic invasion, and venous vascular invasion. Interpretation A clinically useful prognostic marker was developed using deep learning allied to digital scanning of conventional haematoxylin and eosin stained tumour tissue sections. The assay has been extensively evaluated in large, independent patient populations, correlates with and outperforms established molecular and morphological prognostic markers, and gives consistent results across tumour and nodal stage. The biomarker stratified stage II and III patients into sufficiently distinct prognostic groups that potentially could be used to guide selection of adjuvant treatment by avoiding therapy in very low risk groups and identifying patients who would benefit from more intensive treatment regimes

Evaluering av forslag til krav i gjødselvareforskriften for å redusere klimagassutslipp, ammoniakktap og nitrogenavrenning fra jordbruket

Rapporten er skrevet på oppdrag for Miljødirektoratet og formålet er å vurdere effekten av endringer i gjødselvareforskriften og andre tiltak på utslipp av lystgass, metan og ammoniakk til luft og nitrogen til vann. Miljødirektoratet har kommet med forslag til endringer innenfor følgende områder: Krav til ulike lagertyper for husdyrgjødsel Krav til lagerkapasitet for husdyrgjødsel Krav til spredetidspunkt for gjødselvare Krav til spredeareal I tillegg er effekten av følgende tiltak utenom gjødselvareforskriften vurdert: Miljøvennlige spredemetoder Innføring av en avgift på mineralgjødsel Strengere krav til regulering av gjødslingsplanlegging Andre alternativer inkluderer: Krav til tett dekke ved lagring av all bløtgjødsel Biogas (vurdert i annen rapport) Rapporten vurderer effekten av tiltakene og de samfunnsøkonomiske kostnadene. Det er i størst mulig omfang forsøkt å kvantifisere effektene basert på dagens kunnskap. I kapittel 6 er tiltakseffekter og kostnader oppsummeret for hvert tiltak. Under er tiltakene vurdert samlet. Oppsummert er det mest effektive tiltaket som fører til reduserte utslipp av ammoniakk stripespredning av husdyrgjødsel. Dette tiltaket har god kostnadseffektivitet og forholdsvis stor grad av sikkerhet for effekt. Dessuten vil tak over lager for bløtgjødsel gi reduserte utslipp av ammoniakk, men kostnadene ved dette tiltaket er forholdsvis store. Det er mest effektivt med tak over lager for svinegjødsel. Tiltak som fører til reduksjon i utslipp av lystgass er først og fremst bedre utnyttelse av husdyrgjødsel gjennom forbedret gjødslingsplanlegging. Effekten av tiltaket skyldes redusert bruk av nitrogen i mineralgjødsel. Kostnader ved gjennomføring av dette tiltaket består av økt rådgiving og evt. kontroll. Avgift på nitrogen vil kunne gi reduserte utslipp av lystgass, men bør kombineres med økt rådgiving for å få best mulig effekt. Krav til spredetidspunkt vil også, sammen med økt lagerkapasitet, gi en bedre utnyttelse av husdyrgjødsel i planteproduksjonen og dermed reduserte lystgassutslipp, men dette krever forholdsvis store investeringer. Metanutslipp kan ifølge danske faktorer bli redusert med 15 % ved å etablere tett dekke på lager for bløtgjødsel. Dette er avhengig av et naturlig flytedekke eller flytedekke av halm. Effekten er meget usikker og det kan på samme tid føre til økte utslipp av lystgass. Utslipp av nitrogen til vann vil bli redusert ved forbedret gjødslingsplanlegging sammen med strengere krav til spredetidspunkt som igjen henger sammen med økt lagerkapasitet. Det siste krever store investeringer. For mer detaljert sammendrag og konklusjon se kapittel 6 side 51

Association Between Proportion of Nuclei With High Chromatin Entropy and Prognosis in Gynecological Cancers

Background: Nuclear texture analysis measuring differences in chromatin structure has provided prognostic biomarkers in several cancers. There is a need for improved cell-by-cell chromatin analysis to detect nuclei with highly disorganized chromatin. The purpose of this study was to develop a method for detecting nuclei with high chromatin entropy and to evaluate the association between the presence of such deviating nuclei and prognosis. Methods: A new texture-based biomarker that characterizes each cancer based on the proportion of high–chromatin entropy nuclei (<25% vs ≥25%) was developed on a discovery set of 175 uterine sarcomas. The prognostic impact of this biomarker was evaluated on a validation set of 179 uterine sarcomas, as well as on independent validation sets of 246 early-stage ovarian carcinomas and 791 endometrial carcinomas. More than 1 million images of nuclei stained for DNA were included in the study. All statistical tests were two-sided. Results: An increased proportion of high–chromatin entropy nuclei was associated with poor clinical outcome. The biomarker predicted five-year overall survival for uterine sarcoma patients with a hazard ratio (HR) of 2.02 (95% confidence interval [CI] = 1.43 to 2.84), time to recurrence for ovarian cancer patients (HR = 2.91, 95% CI = 1.74 to 4.88), and cancer-specific survival for endometrial cancer patients (HR = 3.74, 95% CI = 2.24 to 6.24). Chromatin entropy was an independent prognostic marker in multivariable analyses with clinicopathological parameters (HR = 1.81, 95% CI = 1.21 to 2.70, for sarcoma; HR = 1.71, 95% CI = 1.01 to 2.90, for ovarian cancer; and HR = 2.03, 95% CI = 1.19 to 3.45, for endometrial cancer). Conclusions: A novel method detected high–chromatin entropy nuclei, and an increased proportion of such nuclei was associated with poor prognosis. Chromatin entropy supplemented existing prognostic markers in multivariable analyses of three gynecological cancer cohorts

Changes in chromatin structure in curettage specimens identifies high-risk patients in endometrial cancer

Most endometrial carcinoma patients are diagnosed at an early stage with a good prognosis. However, a relatively low fraction with lethal disease constitutes a substantial number of patients due to the high incidence rate. Preoperative identification of patients with high-risk and low-risk for poor outcome is necessary to tailor treatment. Nucleotyping refers to characterisation of cell nuclei by image cytometry, including the assessment of chromatin structure by nuclear texture analysis. This method is a strong prognostic marker in many cancers, but has not been evaluated in preoperative curettage specimens from endometrial carcinoma.status: publishe